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科学网—制作RDP数据库的USEARCH版本用于扩增子物种注释 - 刘永鑫的博文
Source: blog.sciencenet.cn
Article summary:
1. RDP是扩增子分析中常用的物种注释数据库之一，但其训练集仅提供QIIME格式，而USEARCH作者提供的RDP数据库为几年前的版本。
2. 为了制作适用于USEARCH的RDP数据库，需要下载RDPClassifier_16S_trainsetNo18_QiimeFormat.zip并进行解压和基本统计。
3. 制作USEARCH物种注释数据库单文件格式只需要使用sed和awk命令即可实现。
Article analysis:
该文章主要介绍了如何制作RDP数据库的USEARCH版本用于扩增子物种注释。然而，在阅读该文章时，我们可以发现以下问题：
1. 偏见来源：作者在联系RDP数据库作者后得到的回复是商业软件申请RDP数据库的授权使用比较麻烦，你们自己制作一下也非常简单。这种回复可能会让读者认为RDP数据库作者不愿意提供帮助或者不重视用户需求，从而产生偏见。
2. 片面报道：文章只介绍了如何制作RDP数据库的USEARCH版本，但并没有对其他扩增子分析工具进行比较和评估。这可能会给读者留下“USEARCH是最好的扩增子分析工具”的印象。
3. 缺失考虑点：文章没有提及如何验证制作的RDP数据库的准确性和可靠性。这可能会导致读者在使用该数据库时出现误解或错误结果。
4. 偏袒：文章中提到需要VPN才能下载最新版的RDP数据库，但并没有提供其他下载方式或者说明原因。这可能会让读者认为VPN是必须且唯一可行的下载方式。
5. 未探索反驳：文章中没有探讨其他人对于制作RDP数据库的USEARCH版本是否有更好方法或者更好的数据库选择的反驳。这可能会让读者认为该方法是唯一可行的。
综上所述，该文章存在一些问题，需要更加客观、全面地呈现信息，并提供更多证据和数据支持。